microscop care foloseste un fascicul de electroni ca sursa de radiatii pentru vizualizarea unui preparat. Puterea de rezolutie (capacitatea de a înregistra cele mai fine detalii) este de o mie de ori mai mare decat a unui microscop normal. Preparatul trebuie examinat în vid, care necesita tehnici specifice de preparare;
fasciculul de electroni este, de obicei, concentrat pe un ecran fluorescent (pentru vizualizare directa) sau pe o placa fotografica (pentru fotografiere).
Microscopul electronic cu transmisie este utilizat pentru examinarea sectiunilor subtiri cu marire înalta. Microscopul electronic cu scanare arata suprafata de examinat la diferite puteri de marire